经过馆内相关技术人员的辛苦努力，北京自然博物馆新网站于2009年12月1日正式上线了。

新的网站在技术上，以具有平台无关性和可移植性的J2EE，替代了旧网站的静态页面建站技术，构建了以动态网站内容管理与发布系统为基础的网站管理系统，实现了网站内容与表现形式的有效分离，增强了对大流量和多种类信息的综合处理能力，有效减轻了网站维护人员的工作量，并加快了网页的更新速度。

在功能上，增设了站内搜索、图片新闻、调查投票、论坛、漂浮广告管理以及栏目内容随意定制等模块，更好地实现了信息的快速沟通、交流、共享和流转。

在内容上，除了保留旧网站原有栏目之外，还增加了科普之窗、科普杂谈、科研论文、学术活动、标本欣赏以及科教动态等相关栏目内容，并且通过精彩的视频、动画，精美的图片，生动的文字等网络媒体将其呈现在公众眼前，极大地丰富了网站内容，并力图做到在求新求变的基础上，将娱乐、教育、宣传与科普融为一体，为博物馆与公众之间能够更好的沟通与互动架起一座真正的桥梁。