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北京自然博物館が所蔵するコレクションは、多くの非常に稀な標本や化石が含まれている。例えば、世界的に有名なStegodon zdanskyiの頭蓋骨、26メートルのMamenchisaurus jingyanensisおよび中国でのユニークなミイラの恐竜の化石がある。